Statistics on protein trees
The protein tree pipeline is described at the following page.
This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:- Overview
- Gene tree coverage and Gene QC for each species
- Size of gene trees (split by their root taxon)
- Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events
Overall Summary
| Legend | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Internal nodes (ancestral taxa) | Node types | Speciations | Duplications | Dubious nodes | ||
| Leaves (extant species) | Gene tree coverage | Genes in multi-species trees | Genes in single-species trees | Orphaned genes | ||
| Gene QC | Validated genes | Short genes | Long genes | Split genes | ||
 |  | Plasmodium cynomolgi strain B | |||||||||||||||||
 | | Plasmodium fragile | |||||||||||||||||
| | Plasmodium gonderi | |||||||||||||||||
| | | Plasmodium inui San Antonio 1 | ||||||||||||||||
 | | | Plasmodium knowlesi strain H | ||||||||||||||||
| | | Plasmodium malariae Pmal | ||||||||||||||||
|  | | Plasmodium ovale curtisi Poc2 | ||||||||||||||||
| | | Plasmodium falciparum 3D7 | ||||||||||||||||
| | | Plasmodium gaboni | ||||||||||||||||
| | | Plasmodium reichenowi ASM160185v1 | ||||||||||||||||
| | | | Plasmodium sp. DRC-Itaito PGABG02 | |||||||||||||||
| | | | Plasmodium sp. gorilla clade G2 | |||||||||||||||
| | | | Plasmodium berghei ANKA | |||||||||||||||
| | | | Plasmodium chabaudi chabaudi strain AS | |||||||||||||||
| | | | Plasmodium vinckei petteri | |||||||||||||||
| | | | Plasmodium yoelii yoelii | |||||||||||||||
| |  | | | | | Plasmodium gallinaceum | ||||||||||||
| | | | | Plasmodium relictum | ||||||||||||||
| | | | | | Plasmodium coatneyi | |||||||||||||
| | | | Babesia bigemina | |||||||||||||||
| | | | | Babesia bovis T2Bo | ||||||||||||||
| | | | | Babesia ovata | ||||||||||||||
| | | | | Babesia sp. Xinjiang | ||||||||||||||
| | | | Theileria equi strain WA | |||||||||||||||
| | | | Theileria orientalis strain Shintoku | |||||||||||||||
| | | Theileria parva | ||||||||||||||||
| | | Eimeria acervulina | ||||||||||||||||
| | | | Eimeria brunetti | |||||||||||||||
| | | | | Eimeria maxima | ||||||||||||||
| | | | | Eimeria mitis strain Houghton | ||||||||||||||
| | | | | | Eimeria praecox | |||||||||||||
| | | | | | Eimeria tenella | |||||||||||||
| | | | | | | Cyclospora cayetanensis | ||||||||||||
| | | | | | Toxoplasma gondii ME49 | |||||||||||||
| | | | | | Toxoplasma gondii VEG | |||||||||||||
| | | | | | | | Besnoitia besnoiti | |||||||||||
| | | | | | | | Cystoisospora suis | |||||||||||
| | | | | | | | Hammondia hammondi | |||||||||||
| | | | | | Cryptosporidium andersoni | |||||||||||||
| | | | | | | Cryptosporidium meleagridis | ||||||||||||
| | | | | | | | Cryptosporidium muris RN66 | |||||||||||
| | | | | Cryptosporidium parvum Iowa II | ||||||||||||||
| | | | | Cryptosporidium ubiquitum | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | Gregarina niphandrodes | |||||||||
| | | | | Ichthyophthirius multifiliis | ||||||||||||||
| | | | | | Tetrahymena thermophila SB210 | |||||||||||||
| | | | | | | | Paramecium tetraurelia | |||||||||||
| | | | | | | | Pseudocohnilembus persalinus | |||||||||||
| | | | | | | | | | Oxytricha trifallax Oxytricha_MIC_v2.0 | |||||||||
| | | | | Stylonychia lemnae | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | Stentor coeruleus | |||||||||
| | | | | | | | | | | | | Perkinsus marinus ATCC 50983 | ||||||
| | | | | | | | | | | | | Symbiodinium microadriaticum | ||||||
| | | | Phytophthora nicotianae ASM148298v1 | |||||||||||||||
| | | | Phytophthora nicotianae P1569 | |||||||||||||||
| | | | | Phytophthora cactorum | ||||||||||||||
| | | | | Phytophthora infestans T30-4 | ||||||||||||||
| | | | | | Phytophthora kernoviae 00238/432 | |||||||||||||
| | | | | | Phytophthora lateralis MPF4 | |||||||||||||
| | | | | | Phytophthora megakarya | |||||||||||||
| | | | | | Phytophthora palmivora | |||||||||||||
| | | | | | | Phytophthora ramorum | ||||||||||||
| | | | | | | Phytophthora sojae strain P6497 | ||||||||||||
| | | | | | | | Hyaloperonospora arabidopsidis Emoy2 | |||||||||||
| | | | | | | | | Nothophytophthora sp. Chile5 | ||||||||||
| | | | | | | | | Peronospora effusa Peff_R14 | ||||||||||
| | | | | | | | | Plasmopara halstedii | ||||||||||
| | | | | | Aphanomyces astaci strain APO3 | |||||||||||||
| | | | | | | Aphanomyces invadans strain NJM9701 | ||||||||||||
| | | | | | | | | Saprolegnia diclina VS20 | ||||||||||
| | | | | | | Saprolegnia parasitica CBS 223.65 | ||||||||||||
| | | | | | | | Achlya hypogyna | |||||||||||
| | | | | | | | Thraustotheca clavata | |||||||||||
| | | | | | Globisporangium irregulare DAOM BR486 | |||||||||||||
| | | | | | | Globisporangium iwayamae DAOM BR242034 | ||||||||||||
| | | | | | | Globisporangium ultimum DAOM BR144 | ||||||||||||
| | | | | | | | | Pythium aphanidermatum DAOM BR444 | ||||||||||
| | | | | | | | Pythium arrhenomanes ATCC 12531 | |||||||||||
| | | | | | | Phytopythium vexans DAOM BR484 | ||||||||||||
| | | | | | Fragilariopsis cylindrus CCMP1102 | |||||||||||||
| | | | | | | Pseudo-nitzschia multistriata | ||||||||||||
| | | | | | | | | Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 | ||||||||||
| | | | | | | | | Thalassiosira oceanica | ||||||||||
| | | | | | Thalassiosira pseudonana CCMP1335 | |||||||||||||
| | | | | | | | | | | Aureococcus anophagefferens | ||||||||
| | | | | | | | | | | Ectocarpus siliculosus | ||||||||
| | | | | | | | | | | Nannochloropsis gaditana CCMP526 | ||||||||
| | | | | | | | | | | Blastocystis hominis | ||||||||
| | | | Hondaea fermentalgiana | |||||||||||||||
| | | | Bigelowiella natans CCMP2755 | |||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | Plasmodiophora brassicae | |||||
| | | Reticulomyxa filosa | ||||||||||||||||
| | | | Leishmania donovani | |||||||||||||||
| | | | | Leishmania infantum | ||||||||||||||
| | | | | | | Leishmania major strain Friedlin | ||||||||||||
| | | | | | | | | Leishmania panamensis | ||||||||||
| | | | | | | | | Leptomonas pyrrhocoris | ||||||||||
| | | | Leptomonas seymouri | |||||||||||||||
| | | | | Trypanosoma conorhini | ||||||||||||||
| | | | | Trypanosoma theileri | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | | Trypanosoma cruzi marinkellei | ||||||||
| | | | | | | Trypanosoma equiperdum | ||||||||||||
| | | | | | | Trypanosoma rangeli SC58 | ||||||||||||
| | | | | | | | | | | | Angomonas deanei | |||||||
| | | | | | Strigomonas culicis | |||||||||||||
| | | | | | | | | | | | Phytomonas sp. EM1 | |||||||
| | | | | Phytomonas sp. Hart1 | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | Perkinsela sp. CCAP 1560/4 | |||||
| | | | | | | | | | | | | | | Naegleria gruberi | ||||
| | | | Dictyostelium discoideum AX4 | |||||||||||||||
| | | | | Dictyostelium purpureum | ||||||||||||||
| | | | | | | Tieghemostelium lacteum | ||||||||||||
| | | | | | | | Cavenderia fasciculata | |||||||||||
| | | | Entamoeba dispar SAW760 | |||||||||||||||
| | | | | | | | | Entamoeba histolytica HM-1:IMSS | ||||||||||
| | | | | Entamoeba invadens IP1 | ||||||||||||||
| | | | | | | | | Entamoeba nuttalli P19 | ||||||||||
| | | | | | | | | | Planoprotostelium fungivorum | |||||||||
| | | | | | | | | | | Acanthamoeba castellanii str. Neff | ||||||||
| | | | Giardia duodenalis strain WB C6 | |||||||||||||||
| | | | | Spironucleus salmonicida strain ATCC 50377 | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | Kipferlia bialata | |||||
| | | | | | | Tritrichomonas foetus | ||||||||||||
| | | | Monosiga brevicollis MX1 | |||||||||||||||
| | | | Salpingoeca rosetta | |||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | Capsaspora owczarzaki ATCC 30864 | ||||
| | | | | Fonticula alba | ||||||||||||||
| | | | | Sphaeroforma arctica JP610 | ||||||||||||||
| | | | Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 | |||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | Guillardia theta CCMP2712 | |||||
| | | | | Cryptomonas paramecium | ||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | Emiliania huxleyi CCMP1516 | |||
| | | | | | | | | | | | | | | | Thecamonas trahens ATCC 50062 |
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