In this section

Statistics on protein trees

The protein tree pipeline is described at the following page.

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Eukaryotes (Eukaryota)86921603701546211089
12.1 %20.7 %
Cryptomonads (Cryptophyceae)21721304
0.0 %0.0 %
Pyrenomonadales2200
0.0 %0.0 %
Amoebozoa3335307319666
33.5 %44.8 %
Evosea31463049952
39.2 %40.1 %
Entamoeba188711626126100
79.1 %79.1 %
Cellular slime molds (Dictyostelia)6964626663167
56.5 %62.5 %
Dictyosteliales633561012259
59.1 %61.5 %
Dictyostelium809973387610
76.0 %76.0 %
Discoba585571140
43.6 %43.6 %
Kinetoplastids (Kinetoplastea)11141065472
48.7 %50.7 %
Trypanosomatidae1940518415855135
42.1 %48.8 %
Trypanosoma25489190944045991
2.9 %46.6 %
Trypanozoon714468113330
76.3 %76.3 %
Trypanosoma with unspecified subgenus11701152180
63.9 %63.9 %
unclassified Phytomonas48664805610
62.3 %62.3 %
Leishmaniinae746373281305
59.3 %61.6 %
Leishmania74207377412
68.2 %71.5 %
Leishmania783077151141
74.2 %74.9 %
Leishmania donovani species complex76687591770
76.6 %76.6 %
Leptomonas67166650660
77.3 %77.3 %
Strigomonadinae42914226650
65.4 %65.4 %
Metamonada532500320
47.9 %47.9 %
Fornicata11410671
33.3 %38.1 %
Hexamitidae127711771000
70.0 %70.0 %
Animals and Fungi (Opisthokonta)654563372053
47.8 %48.5 %
Salpingoecidae478043893910
75.3 %75.3 %
Sar218441852717491568
15.1 %28.6 %
Rhizaria322330741490
54.6 %54.6 %
Heterokonts (Stramenopiles)1122110241620360
18.7 %29.6 %
Oomycetes (Oomycota)388183114446073067
20.8 %34.7 %
Downy mildews (Peronosporaceae)406753567830961901
25.1 %40.5 %
Phytophthora10946110142380380
56.1 %56.1 %
Saprolegniaceae3624132588362231
65.7 %66.3 %
Aphanomyces9652840112510
77.9 %77.9 %
Saprolegnia149331357013630
78.4 %78.4 %
Pythiaceae172081654260066
40.5 %44.9 %
Pythium863978597800
71.4 %71.4 %
Globisporangium214792006714120
68.2 %68.2 %
Bigyra45845620
50.0 %50.0 %
Ochrophyta8519811937426
40.3 %43.1 %
Diatoms (Bacillariophyta)946581261152187
42.9 %49.9 %
Bacillariophycidae6878653233610
59.3 %61.1 %
Bacillariaceae828876526360
78.6 %78.6 %
Thalassiosira715365086450
76.1 %76.1 %
Alveolates (Alveolata)89867983592411
18.8 %31.8 %
Apicomplexans (Apicomplexa)37053135125445
5.3 %24.1 %
Aconoidasida17141690195
34.3 %43.3 %
Piroplasmids (Piroplasmida)317430863058
19.6 %57.4 %
Theileria590458031010
71.9 %71.9 %
Babesia876585412240
78.9 %78.9 %
Plasmodium28063191526488263
2.0 %27.9 %
Plasmodium (Laverania)994596782670
68.5 %68.5 %
Plasmodium (Vinckeia)13371130063650
67.9 %67.9 %
Plasmodium (Plasmodium)24421241013200
62.5 %62.5 %
Plasmodium (Haemamoeba)143105380
71.1 %71.1 %
Conoidasida107810133530
21.9 %40.6 %
Eimeriorina5740551720716
42.5 %45.7 %
Sarcocystidae19023184305885
69.3 %69.9 %
Toxoplasma gondii813180191120
80.8 %80.8 %
Eimeriidae4299414612330
31.2 %38.8 %
Eimeria20913203096040
53.4 %53.4 %
Cryptosporidium14288140901980
78.2 %78.2 %
Ciliates (Ciliophora)565340981359196
41.6 %47.6 %
Intramacronucleata4543379368367
45.7 %50.2 %
Oligohymenophorea1361011016255341
58.2 %59.2 %
Hymenostomatida451238246880
63.8 %63.8 %
Oxytrichidae5442120
66.7 %66.7 %